Acest fenomen are loc atunci când celulele stem transplantate realizează că se află într-un organism străin și încep să îl atace. De exemplu, acestea pot ataca ficatul, pielea, tractul digestiv, etc. Acest fenomen poate apărea oricând după transplant, fie la puțin timp, dar și mai târziu – chiar și după câțiva ani și poate fi de o mai mică sau mai mare intensitate, putând fi fatală în lipsa tratamentului adecvat.
Apariția sa nu poate fi anticipată în niciun fel, însă există o serie de terapii de prevenire a acesteia, prin administratea de tratament medicamentos.