După efectuarea tuturor analizelor menționate în răspunsul anterior, pacientul va fi supus unei proceduri care se numește procedura de condiționare care, pentru bolile oncologice, are scopul de a distruge în totalitate funcția măduvei osoase și a proceselor imune, care ar putea lupta împotriva grefei (măduva osoasă nouă primită de pacient).
Această procedură de condiționare constă de obicei din combinarea procedurilor de chimioterapie și iradiere corporală totală.
Pe parcursul acestei proceduri, pacientul va fi supus unui regim de izolare completă, fiind necesară menținerea sa într-un mediu special amenajat pentru a asigura protecția sa față de riscul foarte mare al apariției unor infecții, în această situație în care pacientul practic este lipsit de sistemul imunitar propriu.