Efectele secundare în acest caz depind de localizarea tumorii, de tipul de intervenție chirurgicală, de starea de sănătate generală a copilului și de alți factori. Unele efecte secundare frecvent întâlnite sunt durere, greață, constipație, dureri de cap. În general toate aceste efecte pot fi ameliorate prin administrarea unor medicamente.
